Martin Heidegger nace el 26 de septiembre de 1889 en Meßkirch, un pueblo del sur de Baden. Su padre, Friedrich Heidegger, trabaja como tonelero y como sacristán de la iglesia parroquial católica del lugar, tarea que incluye el toque de las campanas. Su madre, Johanna Kempf, proviene de una familia campesina de la región. La familia vive en circunstancias modestas y practica un catolicismo estricto. Heidegger tiene una hermana, Marie, nacida en 1892, y un hermano, Fritz, nacido en 1894, con quien mantiene una relación cercana durante toda su vida.
El párroco Camillo Brandhuber reconoce temprano las capacidades del niño y gestiona para él una beca de estudios. Con ese apoyo, Heidegger ingresa primero en el internado de Konstanz, adscrito al Konradihaus, y después en el Gymnasium Berthold de Friburgo, ciudad a la que se traslada en 1906 y donde vive en el seminario episcopal. Durante esos años de bachillerato lee la disertación de Franz Brentano sobre los múltiples significados del ente en Aristóteles, obsequio del párroco Conrad Gröber. En septiembre de 1909 ingresa como novicio jesuita en Feldkirch. Abandona el noviciado al cabo de un mes por problemas cardíacos. Ese mismo año comienza estudios de teología y filosofía en la Universidad de Friburgo, en calidad de seminarista diocesano.
En 1911 el médico Heinrich Gassert le diagnostica una afección nerviosa del corazón y le recomienda abandonar la carrera eclesiástica. Heidegger deja la teología y orienta sus estudios hacia la filosofía, las matemáticas, la historia y las ciencias naturales. En 1913 obtiene el doctorado con la tesis La doctrina del juicio en el psicologismo, dirigida por Artur Schneider. En 1915 concluye la habilitación bajo la dirección de Heinrich Rickert, con un trabajo sobre la doctrina de las categorías y el significado en Duns Escoto, y dicta la lección inaugural El concepto de tiempo en la ciencia histórica.
Entre 1915 y 1918 presta servicio militar durante la Primera Guerra Mundial. Es examinado varias veces por juntas médicas militares; se le asignan finalmente tareas postales y de observación meteorológica, y queda declarado no apto para el combate. En junio de 1916 se presenta, con el apoyo de Heinrich Finke, al concurso para la cátedra de filosofía católica de Friburgo. No obtiene el puesto. Ese mismo año Edmund Husserl llega a la universidad como catedrático. Heidegger inicia con él un acercamiento intelectual que se consolida en 1919, año en que pasa a ser su asistente, en sustitución de Edith Stein, y en que comienza a enseñar como Privatdozent sin sueldo fijo.
El 21 de marzo de 1917 se casa con Elfride Petri, de confesión protestante, en una ceremonia católica celebrada en la catedral de Friburgo. Cuatro días después se celebra una segunda ceremonia evangélica en Wiesbaden. En enero de 1919 nace su primer hijo, Jörg. En agosto de 1920 nace el segundo, Hermann, cuyo padre biológico es el médico Friedrich Caesar, amigo cercano de Elfride; Heidegger lo reconoce y lo cría como propio. En 1922 Elfride adquiere un terreno en Todtnauberg, en la Selva Negra. El carpintero Pius Schweitzer construye allí la cabaña que Heidegger ocupa desde el 9 de agosto de ese año y que utiliza como lugar de escritura durante el resto de su vida; la instalación eléctrica se completa recién en 1931.
En 1920 comienza una correspondencia con Karl Jaspers que se extiende por varias décadas. En esos mismos años mantiene también una relación de amistad epistolar con la pedagoga Elisabeth Blochmann. Su padre, Friedrich Heidegger, muere en 1924. Su madre, Johanna, muere en 1927. En 1922 Heidegger redacta para Paul Natorp el llamado Informe Natorp, una exposición de su interpretación fenomenológica de Aristóteles, con la que obtiene una plaza de profesor extraordinario en la Universidad de Marburgo, cargo que ocupa entre 1923 y 1928. Entre sus alumnos de esos años están Hans-Georg Gadamer y Hannah Arendt. En Marburgo traba también una amistad intelectual duradera con el teólogo Rudolf Bultmann, colega en la facultad, con quien organiza seminarios conjuntos sobre el Nuevo Testamento y con quien mantiene correspondencia hasta el final de su vida. Con Arendt inicia en febrero de 1925 una relación amorosa que ambos mantienen en secreto. Arendt se traslada a Heidelberg en el invierno de 1925 y 1926 para continuar sus estudios con Jaspers. La relación termina en 1928 y se retoma como amistad epistolar después de 1950.
En 1927 se publica Ser y tiempo en el Jahrbuch für Philosophie und phänomenologische Forschung, la revista dirigida por Husserl y dedicada a este. La obra le vale el ascenso a catedrático. En 1928 sucede a Husserl en la cátedra de Friburgo, tras la jubilación de este; su lección inaugural lleva el título ¿Qué es metafísica? En 1929 publica también Kant y el problema de la metafísica y participa en los Cursos Universitarios Internacionales de Davos, donde sostiene una disputa pública con Ernst Cassirer en torno a la interpretación de Kant.
Ya en 1932 vota por el NSDAP. El 21 de abril de 1933 es nombrado rector de la Universidad de Friburgo, propuesto por su antecesor Wilhelm von Möllendorff. El 1 de mayo de ese año se afilia al partido, con el número de afiliación 3.125.894, membresía que conserva hasta 1945. El 27 de mayo pronuncia el discurso rectoral La autoafirmación de la universidad alemana. Durante su rectorado son destituidos de sus cátedras varios colegas, entre ellos el químico George de Hevesy y el filólogo Eduard Fraenkel; su antiguo maestro Edmund Husserl, ya jubilado, queda excluido de la vida universitaria por las leyes raciales del régimen. En 1941 la editorial retira de la nueva edición de Ser y tiempo la dedicatoria a Husserl. La nota a pie de página que reconoce su método fenomenológico permanece en el texto. El 11 de noviembre de 1933 firma en Leipzig la Declaración de los profesores alemanes en favor de Adolf Hitler y pronuncia el discurso principal del acto. El 27 de abril de 1934 renuncia al rectorado.
Durante los años del régimen nacionalsocialista dicta cursos sobre Nietzsche y sobre la poesía de Hölderlin. Entre 1935 y 1942 integra el comité científico del Archivo Nietzsche, del que se retira sin dar razones. En noviembre de 1944 es movilizado al Volkssturm para trabajos de fortificación; queda liberado en diciembre por gestión de la universidad. Los manuscritos de su archivo son trasladados a Bietingen tras el bombardeo de Meßkirch, y la facultad de filosofía se traslada al castillo de Wildenstein, en Leibertingen, donde Heidegger se encuentra al término de la guerra.
En septiembre de 1945 la facultad de filosofía de Friburgo emite un primer informe de desnazificación que recomienda su jubilación anticipada con derecho limitado a la docencia. El proceso se reabre en diciembre a instancias de los profesores Adolf Lampe, Walter Eucken y Franz Böhm. El 22 de diciembre de 1945 Karl Jaspers redacta a pedido de la comisión un dictamen escrito en el que recomienda apartarlo de la docencia por varios años. El 19 de enero de 1946 el senado universitario le retira la venia docendi. El 5 de octubre de 1946 la administración militar francesa le prohíbe formalmente enseñar y participar en actos universitarios. Heidegger atraviesa ese año un quebrantamiento físico y anímico, tratado por el médico Victor Freiherr von Gebsattel. Una carta del filósofo francés Jean Beaufret le llega por esos años y motiva la redacción de la Carta sobre el humanismo. El 26 de septiembre de 1951 se levanta la prohibición de enseñar y se le concede el estatuto de emérito.
En el semestre de invierno de 1951 y 1952 retoma la docencia en Friburgo, con cursos de gran concurrencia. Dicta clases con regularidad hasta 1958 y, por invitación puntual, hasta 1967. En los años posteriores a su reincorporación ofrece además numerosas conferencias públicas, entre ellas La cosa, en la Academia Bávara de Ciencias, en 1950; Construir, habitar, pensar, en los Coloquios de Darmstadt, en 1951; La pregunta por la técnica, en la Academia Bávara de Bellas Artes, en 1953, y Serenidad, con motivo de un homenaje al compositor Conradin Kreutzer en Meßkirch, en 1955.
En 1947 el psicoterapeuta zuriqués Medard Boss se pone en contacto con él. De ese encuentro nace una amistad que dura el resto de su vida. Entre 1959 y 1969 Heidegger dirige, en casa de Boss, los llamados Seminarios de Zollikon, dedicados a médicos y psiquiatras y de influencia notable en el desarrollo del análisis existencial en psiquiatría. En 1955 conoce en París al poeta René Char; de ese encuentro surgen los seminarios de Le Thor, celebrados en 1966, 1968 y 1969, y el de Zähringen, en 1973. Viaja a Grecia en 1962 y en 1967, y a Italia junto con Boss en 1952 y 1963.
El 26 de septiembre de 1959, al cumplir setenta años, el municipio de Meßkirch lo nombra ciudadano honorario. El 10 de mayo de 1960 recibe el Premio Johann Peter Hebel en Hausen im Wiesental. Desde 1958 es miembro numerario de la Academia de Ciencias de Heidelberg. En 1966 concede una entrevista a la revista Der Spiegel, publicada después de su muerte bajo el título Solo un Dios puede salvarnos. En 1969 concede una entrevista televisiva al filósofo Richard Wisser. En 1967 conoce en Friburgo al poeta Paul Celan; ambos visitan juntos la cabaña de Todtnauberg, y Celan escribe unas líneas en el libro de huéspedes que dan origen, poco después, al poema Todtnauberg.
En 1975 aparece el primer volumen de la Gesamtausgabe, la edición de sus obras completas, cuya publicación él mismo prepara y organiza en vida junto con Friedrich-Wilhelm von Herrmann. Su hijo Hermann asume después la administración del legado y de los manuscritos inéditos. Jörg Heidegger muere en 2019 y Hermann Heidegger en 2020, ambos a edad avanzada.
Martin Heidegger muere en su casa de Friburgo el 26 de mayo de 1976, a los ochenta y seis años. Es enterrado el 28 de mayo en el cementerio de Meßkirch, junto a la tumba de sus padres y conforme a su voluntad. En el funeral su hijo Hermann lee poemas de Hölderlin y el teólogo Bernhard Welte pronuncia la oración fúnebre. Su lápida lleva grabada una sola estrella.
